В 1933 г. в Марийском педагогическом институте им. Н.К.Крупской была создана кафедра ботаники, которой в разные годы руководили доценты К.И.Хамитов, А.А.Степанова, М.П.Травкин, Ю.А.Злобин, Н.Л.Милорадова, Е.М.Видякина. В 1972 г. на основе кафедры ботаники МГПИ им. Н.К.Крупской создана кафедра ботаники в Марийском государственном университете, ее заведующим был избран кандидат биологических наук доцент Ю.Н.Шкляев. В 1974 г. она разделилась на две кафедры: ботаники и анатомии и физиологии растений. Кафедру ботаники возглавила выдающийся ботаник-эколог доктор биологических наук професор А.А.Горшкова (1974-1977), а кафедру анатомии и физиологии растений - доктор биологических наук профессор В.С.Николаевский, крупнейший специалист в области газоустойчивости растений, создавший при кафедре проблемную хоздоговорную лабораторию газоустойчивости, в которой начинали свой научный путь доценты Т.К.Пигулевская, Н.П.Грошева, О.Л.Воскресенская и инженер А.И.Мошкин.
Кафедрой ботаники в разное время руководили доценты Э.В.Шестакова (1977-1978), Н.В.Абрамов (1978-1989), а кафедру анатомии и физиологии растений после отъезда В.С.Николаевского возглавляли доценты Ю.Н.Шкляев (1979-1982) и Н.П.Грошева (1982-1989).
В 1989 г. эти кафедры вновь объединили в одну - кафедру ботаники, экологии и физиологии растений, которой руководили кандидат биологических наук (ныне доктор биологических наук) доцент Н.В.Абрамов (1989-1990), доктор биологических наук профессор Л.А.Жукова (1990-1999), с 1999 г. кафедрой заведует доктор биологических наук профессор Н.В.Глотов.
С приходом на кафедру Л.А.Жуковой - ботаника, эколога, педагога - сформировалось новое популяционно-онтогенетическое направление. Весь опыт научно-педагогической деятельности, большие организаторские способности Л.А.Жуковой изменили облик кафедры, единая научная идея сплотила членов большого коллектива. В настоящее время популяционная биология растений успешно разрабатывается под руководством профессора Н.В.Глотова.
В 1974 г. при кафедре было создано Марийское отделение Всесоюзного ботанического общества, бессменным ученым секретарем которого стала кандидат биологических наук доцент С.Я.Файзуллина. С 1997 г. Марийское отделение Русского ботанического общества возглавляет Л.А.Жукова, ученый секретарь - Ю.Г.Суетина. С 1991 г. на кафедре работает также Проблемная научно-исследовательская лаборатория - ПНИЛ-I.
Ряд сотрудников кафедры закончили аспирантуру в ведущих научных центрах России: МГУ им. М.В.Ломоносова - Т.К.Пигулевская, О.Л.Воскресенская, О.П.Ведерникова, М.А.Шаталова; МГПИ им. В.И.Ленина - Н.П.Грошева, Э.В.Шестакова; ЛГПИ им. А.И.Герцена - М.М.Кошпаева, Н.В.Абрамов; КГУ - С.Я.Файзуллина.
В сентябре 1991 г. при кафедре открыта аспирантура по двум специальностям - "Ботаника" и "Экология". Из окончивших аспирантуру 9 человек защитили кандидатские диссертации. В 2002 г. открыта докторантура по специальностям "Ботаника" и "Экология". Первый докторант кафедры - кандидат биологических наук доцент О.П.Ведерникова.
Таким образом, на кафедре в настоящее время работают высококвалифицированные специалисты, среди них - Л.А.Жукова, доктор биологических наук, профессор, академик МАНЭБ; Н.В.Глотов, доктор биологических наук, профессор, академик РАЕН; Т.А.Горшкова, доктор биологических наук, профессор.
При кафедре функционирует кабинет методики преподавания биологии. В 1957-1963 гг. методическая работа возглавлялась кандидатом биологических наук доцентом Е.М.Видякиной, а с 1963 г. и по настоящее время ведущим методистом кафедры является высококвалифицированный специалист, ученица выдающихся методистов Н.М.Верзилина и Н.А.Рылова, кандидат биологических наук доцент М.М.Кошпаева, по методике преподавания экологии в методическом направлении активно работает ст. преподаватель И.М.Божьеволина.
К чтению лекций систематически привлекаются ведущие специалисты из разных научных центров России: доктора биологических наук профессора Л.А.Животовский, О.В.Смирнова, Л.Б.Заугольнова, А.К.Буторина, М.В.Марков, В.П.Прохоров и др.
В 1991 г. кафедра выступила организатором IV Всероссийской популяционной конференции памяти А.А.Уранова. В 1994 г. по поручению Министерства образования РФ проводено совещание заведующих кафедрами ботаники университетов России. В 2000 г. секцией флоры и растительности Русского ботанического общества совместно с кафедрой ботаники, экологии и физиологии растений МарГУ проведена II школа-семинар по сравнительной флористике, в которой приняли участие ученые из Санкт-Петербурга, Киева, Москвы, Казани, Йошкар-Олы и других городов. Большой вклад в организацию и проведение семинара внес доцент кафедры Н.В.Абрамов.
Коллективом преподавателей и сотрудников кафедры с целью повышения эффективности учебного процесса изданы более ста учебных пособий и методических указаний, в том числе два с грифом Учебно-методического объединения университетов РФ.
Итогом учебной деятельности кафедры является успешная защита дипломных работ студентами, специализирующимися на кафедре. За период существования кафедры по специализациям "Ботаника", "Физиология растений" и "Экология" подготовлены более 500 выпускников. Кандидатские диссертации в последние годы защитили выпускники кафедры Е.А.Алябышева, Е.С.Закамская, Н.В.Илюшечкина, Г.О.Османова, Е.А.Скочилова, Ю.Г.Суетина, М.А.Шаталова. Сегодня они - преподаватели кафедры. Кандидатами наук стали также выпускники кафедры Н.В.Ившин (кафедра зоологии МарГУ), С.А.Дубровная (Институт образования Чувашской Республики), Т.А.Полянская (Национальный парк "Марий Чодра"), выпусник кафедры А.В.Решетников защитил диссертацию по химии в Институте общей и неорганической химии РАН (г. Москва).
Н.П.Грошева, Э.В.Шестакова,
доценты кафедры ботаники,
экологии и физиологии растений