В 2003 году на базе Центра дистанционного образования создан Институт открытого образования. В его состав входят Центр дистанционного образования (ЦДО), кафедра открытого образования (КОО), Представительства Марийского государственного университета по дистанционному образованию, создаваемые по решению Ученого совета университета в городах и районных центрах Республики Марий Эл и близлежащих регионах РФ, программы профессиональной переподготовки управленческих кадров Правительства РФ и Республики Марий Эл.
Институт открытого образования (ИОО) предоставляет возможность получить высшее образование в форме экстерната и заочного обучения (сокращенные ускоренные программы с применением дистанционных технологий) на базе среднего специального и высшего образования, а также в форме заочного обучения (ускоренные программы с применением дистанционных технологий) на базе среднего образования. Нормативный срок обучения составляет: от 3 до 5 лет для сокращенных ускоренных программ и экстерната и от 4 до 6 лет для ускоренных программ. В настоящее время в ИОО обучение студентов ведется по следующим программам высшего профессионального образования: в рамках лицензии Марийского государственного университета - 060500 - Бухгалтерский учет, анализ и аудит - 060800 - Экономика и управление на предприятии; в рамках лицензии Московского государственного университета экономики, статистики и информатики (МЭСИ) - 021100 - Юриспруденция (Финансовое право); в рамках лицензии Ульяновского государственного университета - 350500 - Социальная работа в рамках лицензии Пензенского государственного университета - 552800 - "Информатика и вычислительная техника".
В настоящее время Институт открытого образования имеет представительства в городах Волжск и Звенигово. В ИОО обучается более 900 студентов из города Йошкар-Олы, различных районов Республики Марий Эл, Республики Татарстан, Кировской области, города Москвы и других регионов России. Это в основном работающие взрослые специалисты, имеющие среднее специальное или высшее образование. График учебного процесса позволяет им учиться без отрыва от производства. Занятия в Институте открытого образования проводят профессора, доценты, преподаватели Марийского государственного университета, Марийского педагогического института, Марийского государственного технического университета, ответственные работники Министерств и ведомств Республики Марий Эл. С самого начала своей работы ИОО внедряет в учебный процесс элементы дистанционного образования на базе Интернет-технологий. Это позволяет студентам, имеющим доступ к Интернет выполнять часть работы по изучению предметов дома, на работе, в Интернет-кафе. С помощью информационной сети Интернет студенты изучают дополнительную литературу, проходят тестирование по учебным дисциплинам, получают необходимые консультации, обсуждают различные вопросы в форумах. Обучение в Институте открытого образования платное. Стоимость обучения зависит от уровня имеющегося образования. Так студенты, имеющие среднее и среднее специальное образование имеют возможность получить финансовую поддержку от государства в соответствии с присваиваемой им по результатам единых государственных экзаменов (ЕГЭ) категорией ГИФО (государственных индивидуальных финансовых обязательств).
Помимо программ высшего профессионального образования, ИОО осуществляет обучение слушателей по программам профессиональной переподготовки. Так, ежегодно с 1999 года проходят переподготовку по 45 специалистов - менеджеров из реальной экономики Республики Марий Эл по Президентской программе подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства РФ и с 2001 года по 35 специалистов - управленцев из аграрно-промышленного комплекса Республики Марий Эл по программе Президента РМЭ.
Директор ИОО профессор А.А.Косов